Der Bau soll rund 595 Millionen Euro kosten und nach dem Willen der Bauherren 2019 eingeweiht werden. 2007 hatte der Berliner Haushaltsausschuss noch 552 Millionen Euro als Obergrenze festgelegt, allerdings habe sich eine Kostensteigerung durch höhere Preise im Baugewerbe ergeben, so das Finanzministerium. Die Kosten der Rekonstruktion der historischen Fassade in Höhe von 80 Millionen Euro sollen private Spender aufbringen.
Angesichts der chronischen finanziellen Probleme der Hauptstadt betonte Bürgermeister Wowereit, dass für etwaige Mehrkosten beim Bau der Bund zuständig sei. Falls ein Betrag fehlen sollte, müsse das aus Bundesmitteln ausgeglichen werden. Laut einer Umfrage der Zeitschrift "Stern" stößt die Rekonstruktion des Stadtschlosses bei den Bundesbürgern auf wenig Gegenliebe. Fast zwei Drittel der Befragten (65 Prozent) gaben demnach an, sie fänden den Wiederaufbau nicht gut. 30 Prozent befürworten ihn.