Ganz anders sieht es bei der katholischen Kirche aus. Hier verfügen die übergeordneten Stellen (Bistümer) über einen eigenen Haushalt, den sogenannten bischöflichen Stuhl. Nach Angaben des Limburger Bistums soll der drei Zwecken dienen: Der "Förderung kirchlicher Aufgaben", der "Bereitstellung von Wohn- und Arbeitsräumen" des Bischofs und der Unterhaltung „der für die Ausübung des Dienstes des Bischofs von Limburg notwendigen Immobilien“. Wie viel Geld in diesem Sonderhaushalt lagert, ist unbekannt. In Limburg heißt es vage: "Mit der Gründung des Bistums im Jahre 1827 wurde das Amt des Bischofs von Limburg durch den Herzog von Nassau mit Vermögenswerten ausgestattet." Hinzu dürfte eine ganze Reihe von Zustiftungen kommen, die in den zweihundert Jahren seit der Säkularisation angefallen sind.
Aus anekdotischen Beispielen lässt sich jedoch erahnen, wie groß diese Vermögenswerte zu sein scheinen. So hält der bischöfliche Stuhl Osnabrück 39,5 Prozent der Niels-Stensen-Kliniken, 24,3 Prozent der Wohnungsbaugesellschaft Stephanswerk und die St. Johann-Behindertenhilfe. In Würzburg hält der bischöfliche Stuhl Anteile an der "Vinzenz Druckerei und Schreinerei GmbH", Münster besitzt das Bistum Anteile an einem Studentenwohnheim und dem Altenpflegekonzern "Stift Tilbeck".
Auch die Ausgaben des bischöflichen Stuhls werden zwar von Aufsichtsgremien überwacht, wer in denen sitzt und wie dort die Entscheidungsmechanismen verlaufen, bleibt jedoch im Dunkeln. Fast noch heikler als die völlige Intransparenz der bischofseigenen Haushalte ist aber die Tatsache, dass immer wieder Geld aus dem überwiegend steuerfinanzierten Diözesanhaushalten zum bischöflichen Stuhl zu wandern scheint.
Ein Beispiel dafür findet sich im Diözesanhaushalt des Bistums Eichstätt. Von den 109 Millionen Euro jährlichen Ausgaben (2013) werden 8,1 Millionen Euro unter einem Posten verbucht, der neben den Titeln Domkapitel und Generalvikariat (die Hauptverwaltung) auch die Angabe "Bischöflicher Stuhl" enthält. Wie viel Geld hier konkret fließt, ist zwar nicht nachvollziehbar. Es ist aber ein Hinweis darauf, dass in die noblen Repräsentanzen katholischer Bischöfe zumindest ab und an gerne auch mal ein Steuereuro fließt.