Im Jahr 2000 wurden Schmider sowie drei weitere ehemalige Flowtex-Manager festgenommen. Mit zahlreichen Hausdurchsuchungen und mehr als 100 Ermittlungsverfahren rückte die Staatsanwaltschaft den Betrügern zu Leibe. Ende 2001 fiel dann das erste Urteil: Schmider und drei weitere Managerkollegen erhielten langjährige Haftstrafen. „Big Manni“, wie sie ihn einst nannten, erhielt elfeinhalb Jahre. 2003 erging dann das endgültige Urteil, Schmider und einer seiner Manager waren schließlich geständig. In der Folge musste sogar Baden-Württembergs Wirtschaftsminister Walter Döring seinen Stuhl räumen, weil er vor dem Flowtex-Untersuchungsausschuss falsch ausgesagt hatte. Auch andere Politiker und Finanzbeamte gerieten in das Fadenkreuz der Ermittlungen.
Der größte Teil des ergaunerten Geldes blieb jedoch verloren. Insgesamt sollen sich Schmider und seine Komplizen um mehr als 600 Millionen D-Mark bereichert haben. Der Staatsanwalt schätzte seinerzeit, dass Schmider selbst davon 85 Millionen D-Mark eingestrichen haben. Andere Berichte schätzen hingegen, dass er 150 Millionen Euro angehäuft habe.
Selbst 13 Jahre nach der Pleite von FlowTex laufen die Insolvenzverfahren weiter. Gläubiger fordern von Flowtex noch immer rund 1,2 Milliarden Euro, von Manfred Schmider selbst noch einmal 1,3 Milliarden Euro. Bislang haben sie von beiden Seiten nur jeweils um die 35 Millionen Euro zurückerhalten. Am Ende wird der zuständigen Insolvenzverwaltung zufolge wohl nicht mehr als ein niedriger zweistelliger Prozentsatz der Forderungen tatsächlich bedient werden.
Wegen guter Führung wurde Schmider bereits 2007 auf Bewährung vorzeitig entlassen, nachdem er zwei Drittel seiner Strafe abgesessen hatte. Seine Reststrafe aus der Flowtex-Verurteilung wurde ihm 2010 erlassen. Heute lebt der offiziell arbeitslose Schmider auf Mallorca weiter von dem Geld seiner Familie und auf den Anwesen seiner Ex-Frau. Woher Reichtum seiner Ex-Frau stammt, darf man nur erahnen.
Kriminelle Energie
Der 63-jährige Schmider bedauerte vor Gericht sein jüngstes Vergehen. Er habe einen großen Fehler begangen, sagte er. Er habe seiner Frau eine Freude machen wollen. "Wir hatten damals ein angespanntes Verhältnis, und ich hatte Angst, sie zu verlieren", so Schmider vor Gericht.
Aus dem Gefängnis heraus hatte Schmider nach eigener Aussage dafür gesorgt, dass die vier Chagall-Gemälde und der Geländewagen von Speyer und Karlsruhe aus in die Schweiz zu seiner Frau gebracht wurden. Über einen Mitgefangenen hätte er Männer organisiert, die den Transport übernahmen. Später konnten die Behörden die Gemälde und das Auto sicherstellen.